Транссибирская магистраль обошла Томск стороной, поэтому железная дорога здесь появилась позже, чем в остальных сибирских городах. Чтобы исправить положение, в 1896 году была построена одноколейная Томская железная дорога, которая просуществовала до 1961 года. Вокзал построили одновременно с открытием дороги, он находился в отдалении от жилых районов. Второй вокзал построили позже – в 1899 году, он назывался «Платформа Межениновка» и располагался в центре города. Это название станция получила в честь инженера Николая Меженинова, который спроектировал участок Транссиба от Томска до Иркутска. В 1909 году первый вокзал стал называться Томск-2, а Межениновка – Томск-1. Конечной станцией является Томск-1. В 2004 году двухэтажное здание, которое за годы эксплуатации неоднократно перестраивалось и успело обветшать, было реконструировано. К 400-летию город Томск получил обновленный вокзал, к которому вернулся исторический облик – он напоминает дворец с красивыми башенками с синей кровлей.